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人类在古代就知道发酵。古埃及人数千年前就会生产面包和奶酪。我们的祖先在3000年前就掌握了酿酒技术。不论是制作面包、奶酪，还是酿酒，都有一个不可缺少的过程——发酵。但是，古人不知道这发酵是怎么回事。他们不知道发酵是酶的作用，更不知道酶是由微生物产生的。所以古希腊人把发酵说成是“沸腾”，实在是一个糊涂概念。而我们祖先所称的“发酵”则要科学得多。
发酵工程，又叫微生物工程。它是利用微生物所特有的发酵作用，与现代工程技术相结合，或直接用微生物反应器，进行大规模的发酵生产。发酵产物既可以是微生物本身(单细胞蛋白)，也可以是发酵过程的代谢产物。
现代发酵工程与传统的发酵工艺操作不同，它有如下优越性：它可以进行连续发酵和半连续发酵；有电脑控制实行高度的自动化；采用经过基因重组的工程菌生产；可以在45℃左右加压生产。而传统的发酵工艺是间歇发酵，人工操作，用的是天然菌种，只能在常温常压下进行。
正因为发酵工程有如此多的优点，受到各国的重视也就很自然了。国际微生物学会联合国咨询委员会主席海登这样告诉人们：“微生物工程可能成为一股引起工业结构调整和社会结构改革的力量。”此话不假。
1、发酵生产流程三个阶段：
上游、中游和下游。
（1）先进行高性能生产菌株的选育；
（2）然后在人工或计算机控制的生化反应器中进行大规模培养，生产目的代谢产物；
（3）最后收集目的产物并进行分离纯化，最终获得所需要的产品。
2、现代意义上的发酵工程是一个由多学科交叉、融合而形成的技术性和应用性较强的开放性的学科。发酵工程经历了“农产手工加工——近代发酵工程——现代发酵工程”三个发展阶段。
1、手工加工
发酵工程发源于家庭或作坊式的发酵制作（农产手工加工），后来借鉴于化学工程实现了工业化生产（近代发酵工程），最后返璞归真以微生物生命活动为中心研究、设计和指导工业发酵生产（现代发酵工程），跨入生物工程的行列。
2、近代发酵
原始的手工作坊式的发酵制作凭借祖先传下来的技巧和经验生产发酵产品，体力劳动繁重，生产规模受到限制，难以实现工业化的生产。
于是，发酵界的前人首先求教于化学和化学工程，向农业化学和化学工程学习，对发酵生产工艺进行了规范，用泵和管道等输送方式替代了肩挑手提的人力搬运，以机器生产代替了手工操作，把作坊式的发酵生产成功地推上了工业化生产的水平。发酵生产与化学和化学工程的结合促成了发酵生产的第一次飞跃。
3、现代发酵
通过发酵工业化生产的几十年实践，人们逐步认识到发酵工业过程是一个随着时间变化的（时变的）、非线性的、多变量输入和输出的动态的生物学过程，按照化学工程的模式来处理发酵工业生产（特别是大规模生产）的问题，往往难以收到预期的效果。
从化学工程的角度来看，发酵罐也就是生产原料发酵的反应器，发酵罐中培养的微生物细胞只是一种催化剂，按化学工程的正统思维，微生物当然难以发挥其生命特有的生产潜力。于是，追溯到作坊式的发酵生产技术的生物学内核（微生物），返璞归真而对发酵工程的属性有了新的认识。发酵工程的生物学属性的认定，使发酵工程的发展有了明确的方向，发酵工程进入了生物工程的范畴。
扩展资料：
发酵工程与传统相比的特点：
1、主要以可再生资源为原料；
2、反应条件温和；
3、环境污染较少；
4、能生产目前不能生产或通过化学方法生产困难的性能优异的产品；
5、投资较少。
百度百科 - 发酵工程
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